บัณฑิตวิทยาลัย มศว. จัดการศึกษาครอบคลุมศาสตร์หลายแขนงในระดับบัณฑิตศึกษาประกอบไปด้วยสาขาวิชาที่มีมิติ หลากหลายเช่น ดุริยางคศิลป์ สรีรวิทยาทางการกีฬา สาขาวิชาที่คงความดั้งเดิม เช่น ศึกษาศาสตร์ ประวัติศาสตร์ หรือสาขาวิชาที่เพียบพร้อมด้วยเทคโนโลยี เช่น วิศวกรรมศาสตร์ อณูชีวโมเลกุล โดยรวมแล้วบัณฑิตวิทยาลัยควบคุม ดูแล หลักสูตรระดับปริญญาเอก 26 หลักสูตร ปริญญาโท 71 หลักสูตร และหลักสูตรประกาศณียบัตร 9 หลักสูตร เพื่อตอบสนองเป้าหมายการศึกษาของนิสิตผู้สนใจศึกษาต่อในระดับสูง มองหาองค์ความรู้ ศาสตร์แห่งศิลป์ หรือวิทยาการที่ล้ำหน้า ภายใต้สภาพแวดล้อมแห่งการเรียนรู้ที่มีนิสิตมากกว่า 5,000 คน